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Séminaires passés

Séminaire de Riccardo Peruzzini le 14 mai à 10h00 à l’IRI

Molecular mechanisms of protein trapping and maturation in the Inter Membrane Space (IMS) of Mitochondria Riccardo Peruzzini Magnetic Resonance Center (CERM) Florence, Italy Riccardo Peruzzini 2013/05/13

Séminaire de Benoît Odaert le 30 avril à 10h00 à l’IRI

An exposé on three lipid-protein interaction studies by NMR Benoît Odaert Institut de Chimie et Biologie des Membranes et Nano-objets Pessac, France Benoît Odaert 2013/04/30

Séminaire de Philippe Heinrich le 26 mars 2013 à 10h à l’IRI

On the statistical analysis of protein-protein interaction in living cells Philippe Heinrich Laboratoire Paul Painlevé, Université Lille 1 and Interdisciplinary Research Institute We focus on a selection model problem in the biological context of imaging living cells : a mono-exponential model versus a bi-exponential one. Due to experimental constraints, usually small data are available. The aim is two-fold. First, classical statistics are revisited to improve existing numerical results (...)

Séminaire de René Marc Mege le 21 mars 2013 à 11h à l’IRI

How do cell-cell junctions sense and transduce mechanical forces ? René Marc MEGE Cell Adhesion and Mechanics Institute Jacques Monod Université Paris Diderot, France How cells sense and respond to external mechanical forces is important in normal development and for the maintenance of cell and tissue homeostasis, but remains a poorly understood problem in biology. Mechano-transduction of external forces is mediated by cell-extracellular matrix adhesion and cell-cell contacts. While (...)

Séminaire de Patrice Gouet le 7 février à 14h à l’IRI

Web Server ESPript/ENDscript Pr Patrice Gouet BioCrystallography and Structural Biology of Therapeutical Targets Group Institut de Biologie et Chimie des Protéines, FR3302 Molecular and Structural Bases for Infectious Diseases, UMR 5086 IBCP, Lyon The web server ESPript/ENDscript was created to facilitate the generation of article quality figures containing 1D/2D/3D structure information. ENDscript uses programs such as BLAST, ClustalW and PHYLODENDRON to work on protein sequences (...)

IRI/MNHN Chromatin days 2012 le 15 et 16 novembre à l’UPMC, Paris

IRI/MNHN Chromatin days 2012 Epigenetic marks : from code to mechanisms Le 15 et 16 novembre 2012 à l’UPMC, Paris (amphi Durand le jeudi 15, amphi 25 vendredi 16) Site officiel : Chromatin days 2012 Genomic DNA is divided into chromosomes, each consisting of a huge supercoiled chromatin fiber. It is now well-acknowledged that the structure and dynamics of this macromolecular complex play a critical role in the regulation of all processes DNA undergoes, including replication, (...)

Séminaire de Michel Werner le 16 octobre 2012 à 11h à l’IRI

Integrative study of the basic mechanisms of transcription : the central role of Mediator of activation Michel Werner Service de Biologie Intégrative et Génétique Moléculaire CEA Gif-sur-Yvette, France L’initiation de la transcription par les ARN polymérases eucaryotes requiert en plus de l’enzyme des facteurs généraux. L’ARN polymérase II, qui transcrit les ARNs messagers et un grand nombre d’ARNs non-codants, requiert six facteurs généraux parfois constitués de plus de dix sous-unités. Cet (...)

Séminaire de Christophe Romier le 26 septembre 2012 à 14h à l’IRI

Specific inhibition of schistosoma mansoni HDAC8 supports the parasitic epigenome targeting strategy Christophe Romier Department of Integrative Structural Biology Institut de Génétique et Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) Illkirch, France The human epigenome is a major target for developing novel anti-cancer drugs. The same approach is currently investigated for treating human diseases caused by eukaryotic parasites. These attempts are however hampered by the risk of (...)

Séminaire de Sunish Radhakrishnan le 10 juillet 2012 à 10h à l’IRI

Prokaryotic cell fate and division control : A tale of two unorthodox regulators Sunish Radhakrishnan School of Biology Indian Institute of Science Education and Research Kerala, India Cell fate in the asymmetrically dividing bacterium Caulobacter crescentus is governed by the unequal phosphorylation of the determinant, DivK. The histidine kinase DivJ, which is asymmetrically localized to the old pole of the cell, acts as the primary kinase for DivK. The cues leading to the (...)

Séminaire d’Isabelle Landrieu le 12 juin 2012 à 10h00 à l’IRI

Modulation of protein-protein interactions by the phosphorylation code of the neuronal protein Tau Isabelle Landrieu UMR8576 CNRS, North of France University Interdisciplinary Research Institute, Hôtel à Projets Villeneuve d’Ascq, France We are focusing on the deciphering of the complex phosphorylation code of Tau and its implication in Alzheimer Disease. We combine in vitro enzymatic reactions with recombinant kinases to phosphorylate the neuronal Tau protein, and Nuclear Magnetic (...)

Séminaire d’Arnaud Legrand le 13 mars 2012 à l’IRI

Study of the interaction between the oncoprotein Ets-1 and the enzyme PARP-1 : A new therapeutic approach in cancer ? Arnaud Legrand Institut de Recherche Interdisciplinaire Ets-1 is a transcription factor of the Ets family. When overexpressed, it is involved in the development of invasive pathologies such as rheumatoid arthritis and cancers. Ets-1 regulates gene expression with partners by binding to specific DNA elements, called Ets binding sites (EBS), found in the promoters of its (...)

Séminaire de Ralf Blossey le 31 janvier 2012 à l’IRI

Kinetic control of gene expression by chromatin remodeling Ralf Blossey, PhD Interdisciplinary Research Institute Chromatin remodeling is the ATP-dependent change of chromatin structure performed by dedicated motor complexes acting on nucleosomal substrates. I give a general introduction into chromatin remodeling and discuss a general mechanism through which the remodelers are targeted to their substrates. This so-called ”kinetic proofreading scenario” has recently found experimental (...)

Séminaire de Matteo Brilli, le 16 novembre à 10h30 à l’IRI

Towards a comparative systems biology of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria Matteo Brilli, PhD INRIA - Rhone-Alpes et Laboratorie de Biométrie et Biologie Evolutive Lyon 1 Cell cycle regulation in Bacteria has recently attracted much attention, especially in the alpha-proteobacterium Caulobacter crescentus. In this bacterium a complex regulatory network is at the basis of asymmetric division and differentiation. To understand how the system was assembled during evolution, (...)

Séminaire de Christine Kellenberger, le 10 novembre à 10h à l’IRI

Réponse immunitaire innée chez la drosophile : étude structurale de la cascade protéolytique impliquée dans l’activation du récepteur Toll Dr Christine Kellenberger UMR 6098, Marseille La réaction de défense contre les infections est basée sur le système immunitaire inné. Chez la drosophile, les réponses sont de type cellulaire, humorale et épithéliale. Des études génétiques ont permis de montrer que la réponse tumorale passe par la sécrétion de peptides antimicrobiens dont l’expression dépend de deux (...)

Formation Bio-Imaging Advanced Training 2011 du 17 au 21 octobre 2011 à l’IRI

Plus d’informations sur le site du GDR2588 La formation BIAT qui aura lieu du 17 au 21 octobre 2011, à l’Institut de Recherche Interdisciplinaire (IRI) de Villeneuve d’Ascq (59) est organisée par le GDR 2588, la plate-forme BICEL et la DR 15, avec le soutien d’AVIESAN (ITMO BCDE) et de l’IFR147. Contexte La biophotonique est un domaine en pleine évolution technologique et thématique. Les applications en biologie deviennent de plus en plus diverses et spécifiques, nécessitant une adaptation (...)

Séminaire du Pr Shoshana J Wodak le 11 octobre à 11h à l’IRI

The bounty and challenges of interaction proteomics Prof. Shoshana J Wodak Professor Wodak is the scientific director of the Center for Computational Biology in Toronto, Canada, and a professor in Biochemistry and Medical Genetics at the University of Toronto. She is the author of more than 100 original research papers and has an h-index of citation of 45. The recent explosion of high throughput experimental technologies for characterizing protein interactions has generated large (...)

Séminaire du Pr Alessio Mengoni le 5 octobre à 15h15 à l’USTL, Bâtiment C9, salle André Verbert

Ecological Genetics of Plant-Bacteria Association : lessons from serpentinophytes and legumes Prof. Alessio Mengoni, University of Florence, Italy Similarly to the animal body, a diverse range of bacteria, including pathogens, mutualists, and commensals are supported by plants. These bacteria grow in and around roots, in the vasculature, and in the aerial tissues and are known as rhizospheric, endophytic and phyllospheric. Of these, rhizospheric and endophytic bacteria have been widely (...)

Séminaire de Patrick van Gelder le 23 juin à 10h à l’IRI

Life and times of a B. glumae lipase, secreted by the type II machinery Patrick van Gelder, Laboratory for Protein Biochemistry & Engineering, Ghent University, Belgium Secretion via the type II secretion pathway in Gram-negative bacteria often relies critically on steric chaperones in the periplasm. A classic example of such chaperones is the lipase-specific foldase (Lif), a monotopic inner-membrane protein, representing a unique class of steric chaperones. Here, we report the (...)

Séminaire de Priscille Brodin le 16 juin à 10h à l’IRI

Criblages chimiques et génétiques par microscopie confocale automatisée d’inhibiteurs de la croissance intracellulaire de Mycobacterium tuberculosis Priscille Brodin Equipe Chémo-génomique des mycobactéries intracellulaires, INSERM U1019 CNRS UMR8204, Institut Pasteur de Lille et Université Lille-Nord de France De nombreux cas de tuberculose chez l’adulte sont dus à une réactivation endogène d’une infection antérieure. Une hypothèse courante est que cette réactivation est directement liée à la (...)

Séminaire de Pierre-Olivier Angrand le 24 mai à 10h à l’IRI

Etude de la répression Polycomb : Une approche intégrative Pierre-Olivier Angrand, Chromatinomics, IRI Chez les eucaryotes, les modifications de l’ADN (méthylation) et des histones (acétylations, méthylations, phosphorylations et ubiquitinylations) constituent un élément capital de la régulation de l’expression des génomes. Cette régulation épigénétique est nécessaire à la mise en place et au maintien de l’organisation de la chromatine dans une conformation précise. Les perturbations dans l’organisation (...)

Olympus BX3 Tour 2011 - le mercredi 4 mai à l’IRI

Présentation de la nouvelle génération de microscopes Olympus BX3 le 4 mai à l’IRI. Journée en libre accès de 9h00 à 16h00. Olympus BX3 Tour IRI - 2011/05/04

Séminaire d’Hélène Duez le 3 mai à 14h30 à l’IRI

Rev-erbα et RORα et le contrôle circadien du métabolisme. Hélène Duez, "Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète" Unité INSERM 1011, Institut Pasteur, Université Lille Nord de France L’homéostasie énergétique de l’organisme est assurée par l’intégration de nombreux signaux endocrines et métaboliques, et son dérèglement conduit aux dyslipidémies, à l’insulino-résistance et au diabète, prédisposant à l’athérosclérose et au développement des maladies cardiovasculaires. Les (...)

HDR d’Emanuele Biondi le 5 avril à 14:30 - amphi IRI/IRCICA

Cell cycle regulation in alpha-proteobacteria : the role of two-component system proteins Summary : How organisms sense the environment and adapt to different situations, regulating gene expression, is a fundamental question of biology. The most important machinery used in bacteria for the signal transduction is composed by two-component and phosphorelay systems (TCS). In general, TCS allow cells to adapt to changing conditions by modifying cellular physiology, including initiating (...)

Séminaire de Corentin Spriet le 22 mars à 10h à l’IRI

Etude de la dynamique et des interactions moléculaires dans la cellule et les tissus vivants Corentin Spriet, IR équipe Biophotonique, IRI L’étude de la régulation de la transcription nécessite le développement de stratégies permettant une analyse de la cinétique et des interactions protéines-protéines, à la fois de façon dynamique et quantitative. Ces études se heurtent à la forte complexité des phénomènes biologiques mesurés dans la cellule vivante (complexes multi-protéiques hautement dynamiques) et/ou (...)

Séminaire de Mathias John le 22 février à l’IRI

Spatial Modeling Mathias John, post-doc équipe Biocomputing, IRI Cell-biological systems are complex interaction networks of biochemical components that are often significantly impacted by stochastic and spatial considerations. To study cell-biological systems, formal modeling provides a method to overcome the limits of experimental observation in the wet-lab by moving to the abstract world of the computer. Therefore, the system under study is formally described in some modeling language (...)

Séminaire de Jean-Marie Ruysschaert le 8 février à l’IRI

Emerging role for lipids in structures and functions of multidrug transporter Jean-Marie Ruysschaert, professeur (émérite) à l’Université Libre de Bruxelles The molecular mechanisms underlying the influence of the lipid environment on the function of membrane proteins remain unclear. In a number of cases, protein function is proposed to be influenced by the bulk physico-chemical properties of the membrane, which in turn are strictly determined by the exact lipid composition of the bilayer. (...)

Seminaire de Carmen Romano le 20 janvier à 11h au CERLA, co-organisé par la Fédération Physique et Interfaces et l’IRI

The Dynamics of Supply and Demand in mRNA Translation M. Carmen Romano, Institute for Complex Systems and Mathematical Biology, University of Aberdeen We study the elongation stage of mRNA translation and show that, in contrast to assumptions of previous models, both the supply and the demand for tRNA resources are important for determining the translation rate of proteins. We extend the paradigmatic totally asymmetric exclusion process (TASEP) to include the fact that the number of (...)

Séminaire de Philippe Delepelaire le 18 janvier à 11h à l’IRI

Le système Hxu d’acquisition de l’hémopexine de Haemophilus influenzae : rôle de HxuA, une protéine de type TpsA Philippe Delepelaire, Institut Pasteur Haemophilus influenzae est une bactérie Gram-négative commensale/pathogène de l’homme, son seul hôte. Elle a un besoin essentiel en hème et NAD qu’elle doit acquérir de l’hôte. Elle exprime de nombreux récepteurs de membrane externe TonB-dépendants lui permettant d’internaliser l’hème et/ou le fer de l’hôte. En particulier l’hémopexine, une glycoprotéine (...)

Séminaire d’Olivier Martin le 17 décembre à 11h au CERLA, co-organisé par la Fédération Physique et Interfaces et l’IRI

Modeling and computations for biological networks Olivier Martin, Universite Paris-Sud et INRA It is often claimed that biological networks are particularly robust or modular, or have remarkable features such as being scale free. To separate consequences of evolutionary dynamics from constraints due to functionality, we first construct a microscopic model of the genotype to phenotype map which then specifies the effects of these constraints. Given such a framework, we show how Monte Carlo (...)

Thèse R. BEAUJOIS le 17-12-2010

Motifs de Régulation et Dynamique de la Voie Mitogen Activated Protein Kinase lors de la Transition G2/M des Ovocytes de Xénope Cette thèse aura lieu le Vendredi 17 Décembre à 14h00 dans l’Amphithéâtre 1A06 de l’IUT A de l’Université de Lille1. Lors de la transition G2/M des ovocytes de Xénope, la voie p39Mos-MEK1-MAPK présente des propriétés dynamiques et physiques particulières telles que l’ultrasensibilité, la bistabilité, l’irréversibilité et un caractère ‘tout-ou-rien’. Ces propriétés sont (...)

Séminaire d’Hélène Berthoumieux le 30 novembre à 11h à l’IRCICA - Salle du conseil, co-organisé par la Fédération Physique et Interfaces et l’IRI

Réseaux de réactions chimiques et modulation de température Dr. Hélène Berthoumieux, Max-Planck-Institute Physics of Complex Systems, Dresden Le cytoplasme d’une cellule biologique peut être décrit comme un ensemble d’espèces réactives connectées par des réactions chimiques. L’ensemble de ces réactions forment des réseaux dont les temps caractéristiques sont de l’ordre de la microseconde. La caractérisation in vivo des réseaux, leur topologie et la valeur des paramètres dynamiques associés, est un (...)

Formation microscopie

Formation vidéo-microscopie et microscopie confocale 1 - Du 6 au 8 décembre à l’IRI

Journée Min2Rien

Journée Min2Rien le 30 novembre à l’IRI/IRCICA. Programme 09h30 Accueil café 10h00 Typologie des menaces sur les applications web — Magali Contensin (IBDML) 11h00 Perl — Sophie Gallina (GEPV) 12h00 Framework Php : Zend — Olivier Le Dimna (DirectInfoService) 13h00 Repas au RU-Barrois 14h15 Les bonnes pratiques de programmation PHP/MySQL — Magali Contensin (IBDML) 15h15 Gestion de version — Christophe Demarey (INRIA) 16h00 Annonces, news (groupe de travail) 16h30 Fin La date limite (...)

Séminaire de Pieter Rein ten Wolde le 26 novembre à 11h au CERLA, co-organisé par la Fédération Physique et Interfaces et l’IRI

The robust ticking of a circadian clock Pieter Rein ten Wolde, AMOLF, Amsterdam Abstract : Many organisms use circadian clocks to anticipate changes between day and night. It had long been believed that these clocks are driven primarily by transcription-translation cycles (TTCs) built on negative feedback. However, while some circadian clocks can maintain robust rhythms for years in the absence of any daily cue, recent experiments have vividly demonstrated that gene expression is often (...)

Journée des Utilisateurs ÄKTA

La grève nationale prévue le 12 octobre contraint à repousser la Journée des Utilisateurs ÄKTA jeudi 18 novembre 2010. Le nouveau programme est disponible ici. Cette journée est une manifestation dédiée à la bio-chromatographie pendant laquelle les scientifiques peuvent présenter leurs (...)

Séminaire de Laurence Duchesne le 16 novembre à 11H à l’IRI

Single molecule detection with metal nanoparticles : Towards resolving dynamic fluctuations of macromolecular complexes In biology, a major challenge to our understanding of biomolecular regulation is how the multiple states of assembly of complexes of proteins, nucleic acids polysaccharides and lipids regulates cell behaviour. In particular, the dynamic partitioning of the components of macromolecular regulatory complex into different assemblies at the same time gives rise to (...)

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